清华的师生陆续南下，不久，北大，清华，南开三校在长沙组成了临时大学，他完成了留守任务，打算带着熊大缜离开天津，赶往长沙，然而，战火绵延，临时大学又从长沙搬走，前往昆明，于是，他决定搬到了昆明，组成了临时大学。
他完成了留守任务，然而，熊大缜却突然告诉他：“我要走了，我要到冀中区去，帮助那里的人们武装抗日，那里需要科技人员。”
消息太过突然，他极惊讶，问：“谁介绍你去？”
熊大缜说：“一位姓黄的，事情紧急，我这几天就要动身。”
他并不赞成他去，这个二十四岁的年轻人把战争想得太过天真，以为有一腔热血便可所向披靡，“但因事关抗日，吾无法极力阻止，也没有什么理由可以阻止他”，他自己也知，国难当头，他不能浇灭一个热血青年的报国热情。
熊大缜离开的时候，他送到门口，“没有看到带路的人”，望着熊大缜离去的背影，他心里有了隐约的担忧，他在日记中写：“约有十余天，神思郁郁，心绪茫然，每日只能静坐室中，读些英文小说，自求镇定下来。”
他一直不知道熊大缜在冀中区做什么，直到这一年的端午节，熊大缜回来看他，他才知道熊大缜去了吕正操麾下。
吕正操原是张学良的旧部，后来接受了共产党的领导，在冀中地区创建了第一块平原抗日根据地。当时的冀中军区极需武器弹药，特别是无线电收发设备，于是，熊大缜抵达冀中后，很快便被任命为了冀中军区供给部部长，并着手筹建技术研究社，进行烈性炸药和短波通讯工具的研发。
他尽可能地帮熊大缜，他搜购一些制备雷管和炸药所需的军用物质，并先后介绍了汪德熙，阎裕昌，李广信等一批清华师生去冀中军区参加“技术研究社”。在他的帮助下，他们成功研制出了一种含TNT烈性炸药的地雷，在保定方顺桥附近将日军机车车头炸得粉碎。
这种地雷在冀中平原得以广泛运用，在电影《地雷战》，《地道战》中都曾表现过它的威力，但它并非如电影所说的那样，是由农民土法研制，而是来自“技术研究社”的爱国知识分子，平原本是游击战最不利的地形，但冀中平原因为有着地雷，让日军闻风丧胆。熊大缜和他的同仁们创造“二战”史上的奇迹。
但是，没有人再记得他们。
1939年，国共关系恶化，熊大缜被怀疑是国民党特务，在未经核查的情况下，秘密逮捕，与熊大缜同时被捕的，还有来自清华，燕大等各大高校的180余名青年知识分子，这些人都被严刑逼供，有人四肢全断，惨不忍睹。
他们被逮捕期间，弹药不能制造，导致冀中军区官兵在一个时期只能手拿着空枪，把秸秆塞在子弹袋里作战，这一秘密被敌人知晓后，引来了敌军疯狂进攻与扫荡，抗日根据地遭受了前所未有的重创。
那时，叶企孙已经离开天津抵达了昆明，并在西南联大开始了特种事业的研究生涯，他一听说这个消息，便立刻写信请时任国民党中央组织部朱家烨设法营救，他还找了与中共亲近的陶孟和，请其设法向周恩来反映，到1940年1月，在各方面的压力下，这批爱国青年终于得到了释放。
可是，他没有等到熊大缜的生还，熊大缜早在前一年的七月便被处死，这位他最亲密的学生死得极为凄惨，是被人用石块活活砸死的。
他没有说什么，只是总会想起他来，1947年6?月23日，他在日记里写“今日是旧历端午节。每逢端午，吾想到大缜。九年前的端午，他从内地回到天津，那是一个surprise。谁知道以后的事多么可悲。近几天在读《白石道人歌曲》，看到他的‘五日凄凉心事’句，更增悲痛。”
那时候，他并不曾想到，有一天他会因为熊大缜，遭受同样的厄运。
西南联大时期，他担任过一段时期的中央研究院总干事，但最终又辞去职务，回到了清华，他替梅贻琦代理过一段时期的清华校长，抗战胜利后，在复校后的清华，他的威信仅次于梅贻琦。
1949年，梅贻琦离开大陆的时候，曾劝说他一起走，在南边重建清华大学，那时，他还得到了美国一个基金会的资助，可以去哈佛或者麻省理工做研究，可是，他都放弃了，没有出国，也没有随梅贻琦南飞，他留了下来。
建国后，他还担任过一段时间的清华主任委员，代理校长事务，一直到1951年。
1952年，随着高校院系调整，清华的文学院，法学院，理学院并入北大，他也被调入北大物理系，他不再掌有校务委员会的实权，成为一名普通教授。
已经没有人再记得他是谁，他登台讲授课程的时候，年轻的学子们在台下仰脸看他，没有人知道这白发苍苍的老人便是当年一手缔造了清华理学院，培育了无数英才的人。
但他并不在意，他对权力并无兴趣，与他共事过许多年的同事评价他：“性温口讷，“似不能言者”，且有牢固的自由、独立思想，原不适于寄身“仕”位。”他虽长期担任清华理学院的院长，也曾几次代理校务，但也只是时势使然，长期搞行政工作，其实不是他的愿望。
他安静地教书育人，直到文革。
1968年，作为张学良的副官，吕正操被逮捕，由此，熊大缜一案又被故事重提，他被牵连，被“吕正操专案组”作为国民党C.C.特务逮捕。
在狱中，他经受无止休的审讯，他写了八次“笔供”，交代与熊大缜的关系，交代自己从事的“特务活动”。可其实，他一直是个无党派人士，当年在重庆担任中研院总干事的时候，身为国民党中央组织部长的朱家骅不止一次拉他入国民党，他都拒绝了，他一生都不问政治，又怎会是什么特务。
他所有的“交待”，其实只有一句“我是科学家，我是老实的，我不说假话”。
幼年时，他跟随他的父亲读书学文，君子讷于言而敏于行，不折不弯，坚忍刚直，他的性情温润如玉，却始终保持着君子正直的品行。
他的交待中，始终没有牵扯过任何人。
他在狱中呆了整整一年半，出狱后，他仍被红卫兵组织隔离审查，那时，他已是七十岁的老人。
他的精神出现了问题，他有了严重的幻听，总觉得电台在监听他，他对侄子说，“他一举一动都有反映，他喝一口茶，电台就说他喝茶不对；他走出门，电台就叫他马上回去”，他还说，电台一定有一套类似雷达的侦察系统，可以看见他的一切行动。
他的侄子悲哀地看着他，说：“你是学物理的，你知道电波透不过墙，根本就没有这种事，是幻觉。”
他说：“有，是你耳朵聋，听不见。”
说完他还笑了，他已经忘却了年轻时代曾有过的辉煌，像个孩子一样笑起来，他为自己的耳朵灵敏度高而骄傲。
而他的侄子，缓缓流下了泪水。
之后他又一次入狱。出来时，已身患重病，小便失禁，双腿肿胀得难以站立，整个身子弓成了九十度。
他的罪名并没有解除，1975年，他被解除“隔离”，但仍然“只能老老实实，不能乱说乱动。”
他的学生冒险去看他，他住在一间低矮破陋的宿舍里，小小的单人床上堆满书籍，“先生坐在一张旧藤椅上，双脚浮肿，不得不搁在凳子上，我问他晚上怎么睡，他说就这么躺在藤椅上。”
有人在中关村一带看到他，他精神已经完全失常了，经过店铺小摊，他伸手向摊主索要两个虫咬过的小苹果，边走边嚼。
如果遇到学生模样或教授打扮的人，他伸手道：“你有钱给我几个。”
他伸出的手枯干如槁木，所求不过三五元。
看到他的人说，那一年，北京的冬天格外寒冷，他穿着一双豁口的破棉鞋，在街头慢慢地走，没有人知道他要去哪里。
可有时候，他却很清醒，有一次钱三强在中关村的马路上偶遇到他，“一看到老师呢，就马上跑上去跟先生打招呼，表示关怀，先生一看到他来了，马上就说，你赶快离开我，赶快躲开，以后你见到我，再也不要理我了，躲我远远的。”
那时，钱三强当时是二级部的副部长，是负责原子弹工程的，他知道这么重要的工作，最忌讳同那些政治上有问题的人来往的，他生怕钱三强被他牵连。
就算在神志不清的时候，他也下意识保护着他的学生。
曾经，他的处境还很好的时候，三年困难时期，担任政协委员的他有权到内部商店买东西，“学生们都没有东西吃，他就把能买的配额都买了苹果，放在家里，来的学生就一人送四个，送完了，自己再去买。”
当时，国家为了照顾著名学者，还给他们“特供”一些牛奶，但是，当他看到自己的学生
有人患浮肿时，就把自己的牛奶给了学生，他说：“ 我没有什么可以帮助你们的，这点牛奶你们一定要喝下去。
他终身未娶，年轻的时候，他专注于清华物理系的建设，抗战时期，清华南迁，更是无暇顾及，等到清华复员，颠沛流离的生活终于结束，那时，他已年近五十，有人给他介绍对象，他因为年纪，回绝了对方。
这一生，他没有自己的子女，只有学生。
两年后，在北大做教师的张之翔骑着自行车，在校外的一所公寓中找到了他。
张之翔回忆说：“他已经不认识我了，我说我是张之翔阿，他说哦哦，坐坐。他坐在藤椅上，就给我看，这个腿，两个腿肿得很厉害，走不了路。他也没有牢骚，很平静的。可是人已经不像个人形了。我也没有多少好说的，我说先生多多保重，我就，我就…”
说到这，也已是白发老人的张之翔，泪流满面。 “…我就离开了，以后再也没有看到他”。
张之翔是最后一个见到他的学生，她的侄子说，他从没对任何人讲过自己的悲惨，“他的看法好像是世界上和历史上冤枉的事情很多，没有必要感叹自己的人生。”
在他去世前的那段时间，他的精神分裂似乎有了一些好转，他坐在旧藤椅上，静静读些古诗词和历史。
1977年1月13日，他去世。钱临照去看他，他取出《宋书》来，翻到范晔写的《狱中与甥侄书》中的一段：“吾狂衅覆灭，岂复可言，汝等皆当以罪人弃之，然平生行已在怀，犹应可寻，至于能不，意中所解，汝等或不悉知。”
很悲凉的一段话，这大约是他唯一一次向人陈说他的苦痛，但，他仍然没有抱怨，只是渴望，渴望着有人“悉知”他不是罪人。
他一直都很平静。
很多年前，他没有随梅贻琦登上蒋介石的飞机，留在了清华，陈毅先生来看他，他们在清华园里合影，陈毅在照片背面签下自己的名字，送给了他。
那天下午，他接过照片，也是这般平静的坐在书房里，没有欣喜若狂，没有受宠若惊，秋阳静好，轻轻落在他的肩。
他并不觉得权贵赠照值得夸耀，就像他亦不觉得苦难与冤屈需要一再怨恨，他的一生，始终保持着君子之风。
二十年后，他在窗边读《宋书》，阳光一如二十年前，轻轻落满他一身，他还是那样平静，仿佛一切都不曾发生。
参考——
《中研院那些人和事》 岳南
《中国科技的基石》
《叶启孙，中国近代物理学的奠基人》 人物杂志
柴静《我到今天才知道他的存在》
李政道访谈
